Na altura da conquista, os artistas indígenas de algumas áreas, embora titularmente sob domínio europeu, permaneciam efectivamente livres de tal controlo. Esses artistas incluíam aqueles em áreas mais remotas, como o sul e o interior da América do Sul (especialmente florestas tropicais e regiões desérticas), a baixa América Central, as florestas tropicais da Mesoamérica e as regiões desérticas do norte do México sem potencial de mineração. As artes que eram dominantes na era pré-colombiana, incluindo tecelagem, cerâmica, metalurgia, lapidação, trabalho com penas e mosaico (ver artes nativas americanas), continuaram a ser praticadas inalteradas nessas áreas na era pós-colonial. Porém, essas regiões foram indiretamente influenciadas pela chegada dos europeus através da disseminação de doenças às quais os nativos não tinham resistência, da saída dos povos nativos das áreas conquistadas, da disseminação de novas tecnologias e espécies vegetais e animais e, por fim,. , a importação de escravos africanos nas áreas despovoadas pelas suas populações indígenas.
Nas áreas em contato mais direto com a influência europeia, os artistas indígenas eram ensinados por frades. Diante de um número crescente de convertidos, os padres responderam criando projetos artísticos que exigiam claramente a participação desses povos indígenas. O esforço mais popular tornou-se a construção de enormes casas de culto dentro das encomiendas; Vagamente chamados de mosteiros, eram na verdade células nervosas para a conversão dos povos indígenas. Na arte inicial deste período, a criatividade pessoal dos artistas indianos não foi incentivada; em vez disso, habilidade e competência sim. Artistas indígenas viram obras importadas de artistas europeus que serviram de modelo.