En el momento de la conquista, los artistas indígenas de algunas áreas, aunque titularmente bajo el dominio europeo, en efecto permanecieron libres de dicho control. Estos artistas incluyeron a aquellos en áreas más remotas como el sur e interior de América del Sur (especialmente bosques tropicales y regiones desérticas), América Central baja, bosques tropicales de Mesoamérica y regiones desérticas del norte de México sin potencial minero. Las artes que fueron dominantes en la era precolombina, incluidos el tejido, la cerámica, la metalurgia, el lapidario, el trabajo de plumas y el mosaico (ver artes nativas americanas), continuaron siendo practicadas sin alteraciones en estas áreas en la era poscolonial. Sin embargo, estas regiones fueron influenciadas indirectamente por la llegada de europeos a través de la propagación de enfermedades a las cuales los nativos no tenían resistencia, el movimiento de los pueblos nativos fuera de las áreas conquistadas, la propagación de nuevas tecnologías y especies de plantas y animales, y, finalmente , la importación de esclavos africanos en aquellas áreas despobladas por sus poblaciones aborígenes.
En áreas más directamente en contacto con la influencia europea, los artistas indígenas fueron enseñados por frailes. Ante un creciente cuerpo de conversos, los sacerdotes respondieron creando proyectos artísticos que claramente requerían la participación de estos pueblos indígenas. El esfuerzo más popular se convirtió en la construcción de enormes casas de culto dentro de las encomiendas; Llamados libremente monasterios, en realidad eran células nerviosas para la conversión de pueblos indígenas. En el arte inicial de este período, no se fomentaba la creatividad personal de los artistas indios; más bien, la habilidad y la competencia sí. A los artistas indígenas se les mostraron obras importadas de artistas europeos que sirvieron como modelos.